С svn версии 4136 (будущая 0.9.15) появилась новая опция под названием session.styleOverlay, которая позволяет пользователям делать некоторые(или даже все) элементы стиля постоянными. Очень удобно для шрифтов, например.
Добавьте в ~/.fluxbox/init строку:
session.styleOverlay: ~/.fluxbox/overlay
а затем отредактируйте файл ~/.fluxbox/overlay, как если бы вы редактировали файл стиля. Например, следующим мы делаем шрифты постоянными для всех стилей:
menu.title.font: sans-10:boldtoolbar.clock.font: sans-10:boldtoolbar.workspace.font: sans-10:bold.font: sans-8