Abrimos /etc/rc.conf con nuestro editor favorito y localizamos la línea XSESSION="".
Ejemplo: la línea debería ser algo por el estilo...#XSESSION="Gnome"
Reemplazamos Gnome por FluxboxXSESSION="Fluxbox"
Guardamos los cambios y listo
Editamos o creamos un archivo llamado ~/.xsession. Le agregamos la siguiente línea (dedemos comentar o remover las líneas que parecen ser de otros window managers):
exec startfluxbox
La próxima vez que reiniciemos las X vamos a iniciar con Fluxbox.